Porto Rico se parcourt avant tout en voiture. Le réseau routier couvre l'ensemble du territoire, alors que les transports collectifs restent concentrés sur l'agglomération de San Juan. Les îles de Vieques et de Culebra se rejoignent par bateau ou par avion léger.
La location d'un véhicule constitue la solution la plus souple pour visiter l'intérieur et les côtes. Les grandes enseignes internationales et des loueurs locaux sont présents à l'aéroport de San Juan et dans les principales villes. La conduite se fait à droite, la signalisation ressemble à celle des États-Unis, et les limitations de vitesse s'affichent en milles par heure alors que les distances figurent en kilomètres.
Les principaux axes rapides sont payants, notamment ceux qui relient San Juan à Ponce, à Arecibo et à Fajardo. Le paiement fonctionne par badge électronique AutoExpreso, sans possibilité de régler en espèces au passage. Les voitures de location intègrent le plus souvent un boîtier facturé au jour, et un péage franchi sans badge valide donne lieu à une pénalité.
Un permis national suffit pour un séjour touristique, le permis international apportant seulement une traduction utile en cas de contrôle. Les personnes qui s'installent durablement obtiennent un permis local auprès de l'administration des transports.
Le métro léger de la capitale relie Bayamon à Santurce en une quinzaine de stations. Il dessert plusieurs centres commerciaux, l'université et des quartiers résidentiels, mais il ne rejoint ni l'aéroport ni le vieux San Juan. Sa fréquentation reste modeste au regard des investissements consentis.
Les autobus de l'agglomération desservent San Juan et ses communes voisines à un tarif faible, avec des fréquences irrégulières. Hors de la zone métropolitaine, des minibus collectifs assurent des liaisons entre villages, sans horaires publiés.
Les taxis touristiques appliquent des forfaits entre l'aéroport, le terminal de croisière et les quartiers hôteliers. Les applications de réservation fonctionnent dans la zone métropolitaine et dans quelques villes, avec une disponibilité plus faible ailleurs.
Les liaisons maritimes partent du terminal de Ceiba, à environ une heure de route de San Juan. Les traversées durent de 40 minutes à une heure et se réservent en ligne, les résidents des îles restant prioritaires. Un autre service relie le vieux San Juan à Catano, de l'autre côté de la baie.
De petites compagnies proposent des vols vers Vieques et Culebra depuis l'aéroport Isla Grande de San Juan et depuis Ceiba. Le trajet dure une vingtaine de minutes et le poids des bagages y est strictement limité.