Porto Rico applique le modèle sanitaire des États-Unis, avec des soins de bon niveau et des coûts très supérieurs à ceux de l'Europe. Aucune convention de sécurité sociale ne couvre les voyageurs français, belges ou suisses sur ce territoire. La sécurité au quotidien ne pose pas de difficulté particulière dans les zones touristiques, à condition de rester attentif.
Les hôpitaux et les cabinets fonctionnent selon les règles américaines, avec une facturation à l'acte et une avance de frais systématique. Une consultation simple ou un passage aux urgences atteint rapidement des montants élevés. La carte européenne d'assurance maladie n'a aucune valeur sur place.
Une assurance couvrant les frais médicaux et le rapatriement constitue le premier poste à régler avant le départ. Les cartes bancaires haut de gamme offrent parfois une garantie, souvent plafonnée et limitée dans le temps.
La zone métropolitaine concentre les structures les mieux équipées, notamment le centre médical de Rio Piedras, l'hôpital Auxilio Mutuo et plusieurs établissements privés de Condado et de Santurce. Les villes de Ponce et de Mayaguez disposent également d'hôpitaux de référence. Vieques et Culebra ne comptent que de petits centres de soins, les cas graves étant évacués vers l'île principale.
Les grandes chaînes américaines couvrent tout le territoire. De nombreux médicaments courants en Europe exigent ici une ordonnance délivrée localement, ce qui plaide pour un stock personnel suffisant et une ordonnance traduite.
La dengue circule toute l'année et les autorités sanitaires ont déclaré une épidémie en 2024. Le chikungunya et le virus Zika ont aussi touché l'île. Aucun vaccin ne remplace la protection mécanique, fondée sur les répulsifs, les vêtements couvrants et la climatisation.
L'eau du robinet est traitée et potable dans la plupart des communes, avec des alertes ponctuelles après un ouragan ou une forte pluie.
Le taux d'homicides dépasse la moyenne des États continentaux, mais la violence touche surtout des réseaux locaux et des quartiers précis. Les zones touristiques de San Juan, de Rincon et des îles connaissent principalement des vols d'opportunité. La Perla et certains grands ensembles de logements sociaux font partie des secteurs que les visiteurs évitent, de même que les plages isolées après la tombée de la nuit.
La saison cyclonique court de juin à novembre, avec le souvenir de l'ouragan Maria en 2017 et de Fiona en 2022. Une série de séismes a frappé le sud-ouest en janvier 2020. Le réseau électrique, confié à un opérateur privé depuis 2021, demeure fragile et provoque des coupures fréquentes, parfois à l'échelle de toute l'île.