Porto Rico dispose de son propre système scolaire, financé localement et encadré par la législation américaine sur l'éducation. Le réseau public accueille la majorité des élèves, tandis que les familles aisées se tournent vers des écoles privées souvent bilingues. La crise budgétaire et le recul démographique pèsent lourdement sur l'ensemble depuis une décennie.
Le département de l'éducation gère un réseau unique pour toute l'île, sans découpage en districts comparable à celui des États continentaux. La scolarité suit l'organisation américaine en école élémentaire, collège et lycée. Les établissements privés, catholiques pour beaucoup d'entre eux, scolarisent une part importante des élèves de la zone métropolitaine.
L'espagnol sert de langue principale dans le public, l'anglais étant enseigné comme matière obligatoire tout au long de la scolarité. Plusieurs écoles privées appliquent un programme bilingue ou majoritairement anglophone, ce qui facilite ensuite l'entrée dans une université du continent.
Fondée en 1903, l'université de Porto Rico constitue le principal établissement public de l'île, avec une dizaine de campus répartis sur le territoire. Rio Piedras accueille les facultés de sciences humaines, de droit et de sciences sociales, tandis que Mayaguez concentre les formations d'ingénieur et d'agronomie. Les frais d'inscription y restent nettement inférieurs à ceux des universités américaines continentales.
Le secteur privé occupe une place importante, avec l'université interaméricaine, l'université Ana G. Mendez, l'université du Sacré-Coeur et l'université pontificale catholique de Ponce. Ces établissements proposent des cursus professionnels et des formations du soir qui attirent des étudiants salariés.
Le défaut de paiement de la dette publique en 2016 et le passage de l'ouragan Maria en 2017 ont entraîné la fermeture de plusieurs centaines d'écoles publiques. Les regroupements ont allongé les trajets de nombreux élèves et fragilisé des communes de l'intérieur. Le budget de l'université publique a subi des réductions importantes sur la même période.
La baisse de la natalité et l'émigration des familles ont fait chuter les effectifs scolaires. Beaucoup de bacheliers poursuivent leurs études en Floride, à New York ou au Texas, où ils accèdent aux mêmes aides fédérales qu'à Porto Rico. Ce départ alimente une pénurie de diplômés dans plusieurs secteurs de l'économie locale.