Porto Rico se rejoint presque toujours par les airs. L'archipel dispose d'un grand aéroport international et de deux plateformes secondaires, toutes rattachées au réseau aérien des États-Unis. Les voyageurs partis de France, de Belgique ou de Suisse passent obligatoirement par une correspondance, aucune compagnie n'assurant de vol direct depuis ces trois pays.
Situé à Carolina, à une dizaine de kilomètres à l'est du vieux San Juan, l'aéroport Luis Munoz Marin porte le code SJU et concentre la quasi-totalité du trafic long-courrier de l'île. Il figure parmi les plateformes les plus fréquentées des Caraïbes et accueille les principales compagnies américaines, notamment American Airlines, Delta, United, JetBlue, Southwest et Frontier. Iberia y exploite une liaison régulière avec Madrid, la seule qui relie directement Porto Rico à l'Europe continentale.
L'aéroport Rafael Hernandez d'Aguadilla, au nord-ouest, et l'aéroport Mercedita de Ponce, au sud, reçoivent quelques vols venus de la côte est des États-Unis et de la Floride. Leur offre reste limitée et varie selon les saisons, mais ces deux plateformes rendent service aux voyageurs qui séjournent loin de la capitale.
Le trajet le plus courant passe par un aéroport américain, New York, Miami, Atlanta, Charlotte ou Philadelphie. Cette solution impose de franchir le contrôle de l'immigration dès la première escale sur le sol américain. Un passage par Madrid déplace la correspondance en Espagne et évite cette formalité au milieu du voyage. Des liaisons existent aussi depuis plusieurs îles voisines, avec une fréquence variable selon les périodes de l'année.
Le trajet entre Paris et San Juan avec une seule escale demande environ 15 heures de porte à porte, temps de correspondance compris. Depuis Bruxelles et Genève, la durée reste comparable, et elle s'allonge nettement quand deux escales deviennent nécessaires. Le décalage horaire atteint 6 heures en été et 5 heures en hiver par rapport à l'heure de Paris.
De petits appareils relient San Juan et Ceiba aux îles de Vieques et de Culebra en une vingtaine de minutes de vol. Les ferries partent du terminal de Ceiba, sur la côte est de l'île principale, et desservent les deux destinations plusieurs fois par jour. Les places s'épuisent vite pendant les vacances scolaires et les fins de semaine, ce qui justifie une réservation anticipée.
Les taxis appliquent des tarifs forfaitaires vers les principaux quartiers touristiques. Isla Verde se trouve à quelques minutes, Condado et le vieux San Juan à 20 ou 30 minutes selon la circulation. Les applications de réservation fonctionnent également, et une ligne de bus publique dessert l'aéroport pour un prix modique.