Le territoire portoricain se divise en 78 municipalités, regroupées dans le langage courant en grandes régions qui n'ont pas d'existence administrative. La population se concentre très fortement sur la côte nord et dans l'aire métropolitaine de la capitale.
San Juan compte environ 342 000 habitants selon le recensement de 2020, et son agglomération en réunit près de deux millions avec Bayamón, Carolina, Guaynabo et Trujillo Alto. La vieille ville fortifiée, le port de croisière et l'aéroport international en font le principal point d'entrée du territoire.
Ponce, deuxième pôle urbain de l'île avec environ 137 000 habitants, conserve un centre historique remarquable et un patrimoine architectural du 10-neuvième siècle. La côte sud, plus sèche, s'étend de Guánica à Guayama et vit de l'industrie, de la pêche et d'un tourisme intérieur.
Mayagüez, environ 73 000 habitants, sert de centre universitaire et portuaire pour l'ouest de l'île. Rincón, petite commune voisine, doit sa réputation internationale à ses vagues et accueille une communauté de surfeurs et de résidents étrangers.
Caguas, environ 127 000 habitants, occupe une vallée intérieure au sud de San Juan et fait office de capitale régionale du centre-est. Les communes de montagne voisines, comme Cayey, Aibonito ou Jayuya, vivent de l'agriculture, du café et d'un tourisme rural en développement.
Arecibo, environ 88 000 habitants, commande la côte nord-ouest et donne accès à la région karstique, aux grottes du Rio Camuy et à l'ancien radiotélescope. Le littoral nord aligne des plages ouvertes sur l'Atlantique, appréciées pour la baignade et le surf.
Les deux îles orientales rassemblent quelques milliers d'habitants et se rejoignent par bateau depuis Ceiba ou par avion. Vieques abrite une baie bioluminescente et de vastes espaces protégés issus des anciens terrains militaires, tandis que Culebra attire les amateurs de plongée et de plages préservées.
Chaque municipalité regroupe des quartiers appelés barrios et dispose d'un maire élu. Les organismes de promotion touristique distinguent de leur côté plusieurs ensembles thématiques, comme la région métropolitaine, la route panoramique de la cordillère, la côte ouest ou les îles municipales, un découpage qui facilite l'organisation des séjours.