L'économie portoricaine repose sur une industrie de transformation très concentrée, sur des services tournés vers le marché intérieur et sur un tourisme en croissance. Cette structure, héritée des régimes fiscaux successifs, laisse peu de place à l'agriculture et coexiste avec un secteur informel étendu.
La fabrication de médicaments et de matériel médical constitue le premier moteur industriel de l'île depuis plus de 60 ans. Amgen, Eli Lilly, Pfizer, Merck ou Bristol Myers Squibb y exploitent des usines. Ces deux activités réunies ont représenté environ 88 % des exportations portoricaines en 2024. Elles emploient une main d'oeuvre qualifiée peu nombreuse au regard de la valeur produite.
Des sous-traitants aéronautiques se sont implantés autour d'Aguadilla et de Ceiba, sur d'anciennes bases militaires reconverties, pour l'usinage de pièces et la maintenance d'appareils. L'électronique et les instruments de mesure complètent ce tissu industriel. Ces filières restent modestes face à la pharmacie, mais elles diversifient l'emploi qualifié hors de la région de San Juan.
Le tourisme pesait près de 7 % du produit intérieur brut en 2019 et son poids a progressé depuis. Les recettes touristiques ont atteint 8,9 milliards de dollars en 2022, un record. San Juan sert de port d'attache et d'escale à de nombreux navires de croisière, ce qui alimente le commerce de la vieille ville sans produire beaucoup de nuitées.
Banques, assurances et gestion d'actifs occupent une place notable dans la production de services. Le secteur bancaire a beaucoup fusionné après la crise de la dette et se concentre aujourd'hui sur quelques établissements. Un régime particulier permet par ailleurs à des entités financières internationales de servir depuis l'île une clientèle située hors du territoire.
Le commerce de détail emploie une part importante de la population active. Les grandes enseignes continentales dominent la distribution alimentaire et les centres commerciaux de la zone métropolitaine, où la consommation dépend fortement des aides fédérales versées aux ménages.
L'agriculture ne fournit plus qu'une fraction très faible de la production, de l'ordre de 1 %. Le café des montagnes du centre, les bananes plantains, les agrumes et l'élevage laitier subsistent, mais l'île importe la grande majorité de son alimentation. Les ouragans successifs ont détruit des plantations entières et découragé les investissements.
Une part significative de l'activité échappe à la comptabilité officielle, dans la réparation, la construction, les services domestiques et la vente de rue. Ce secteur explique en partie l'écart entre le très faible taux d'activité mesuré et le niveau de vie observé.