Porto Rico expédie chaque année pour plus de 20 milliards de dollars de marchandises, un total très élevé au regard de sa population. Cette performance tient presque entièrement à l'industrie pharmaceutique, dont la production quitte l'île par le port et par l'aéroport de San Juan.
Les exportations ont atteint 24,7 milliards de dollars en 2024, en hausse de 9,7 % sur un an. Les médicaments et les dispositifs médicaux en représentaient environ 88 %. Le reste se partage entre produits chimiques, appareils électroniques, boissons alcoolisées, en particulier le rhum, et quelques productions agricoles.
Le territoire appartient à la zone douanière des États-Unis. Les envois vers le continent ne subissent ni droits ni déclaration d'importation, et les accords commerciaux signés par Washington s'appliquent à l'île. Les expéditions vers les pays tiers relèvent de la réglementation fédérale à l'exportation.
Le continent américain absorbe la majeure partie des expéditions, ce qui reflète l'organisation interne des groupes pharmaceutiques implantés sur place. Les destinations étrangères se concentrent sur l'Europe occidentale et sur quelques marchés d'Asie, où ces mêmes groupes exploitent d'autres unités de production.
Le port de San Juan traite la quasi totalité du trafic de conteneurs de l'île et sert aussi de premier port de croisière des Caraïbes. Le port de Ponce, sur la côte sud, dispose d'un terminal moderne ouvert au début des années 2010, mais son activité reste très en deçà des volumes espérés.
La loi Jones impose de recourir à des navires américains pour les liaisons avec le continent. Le nombre limité d'armateurs autorisés et le prix de construction de ces navires renchérissent le transport. Les évaluations chiffrées divergent, mais ce surcoût pèse sur les prix de détail et sur la compétitivité des producteurs locaux.
L'île achète à l'extérieur l'essentiel de son alimentation, de ses carburants et de ses biens manufacturés, ainsi que les principes actifs utilisés par ses usines pharmaceutiques. Cette dépendance rend le coût de la vie supérieur à celui de nombreux États continentaux malgré des revenus bien plus faibles.